Sí, hay un costo por mensaje si está utilizando una cuenta API de WhatsApp para empresas. Facebook cobra algún costo + El proveedor de la API de WhatsApp cobrará un costo adicional.
Puede ver los cargos por Facebook aquí: https://developers.facebook.com/docs/whatsapp/pricing/
Cada proveedor de API cobrará de manera diferente, aquí están los cargos para uno de los proveedores, Twilio: https://www.twilio.com/whatsapp/pricing/us